从美国回国后，闻玉梅开始集中精力研究乙肝病毒。当时，医学界对于慢性乙肝患者能否有效治疗的问题存在较多疑虑，主要是认为如果乙肝病毒基因已经整合入患者的肝细胞，就不可能清除病毒，达到有效治疗。为此，闻玉梅团队选择从乙肝患者肝组织是否整合病毒基因组入手，探讨乙肝患者的治疗前景。
1986年，闻玉梅团队首次公布了我国乙肝患者肝内病毒复制状态的资料。与此同时，他们运用分子技术在乙肝患者白细胞中开展了乙肝病毒DNA的研究，扩大了研究肝外乙肝病毒的领域。这是国内首次展开分子水平的乙肝病毒研究。
此后，闻玉梅团队对我国一些乙肝病毒变异株进行瞭解析，通过研究这些突变株的基因序列及其在细胞中复制与表达蛋白以瞭解变异株的功能， 积累我国乙肝毒株有意义的生物学特性及与疾病的关系。
1986年，上海医学院医学分子病毒学实验室成为国家卫生部第一批部级重点实验室。到2022年，这个实验室（包括病原生物系）已成长为拥有25名正高级科研人员、20名副高级科研人员以及200名研究生的科研团队。
让闻玉梅欣慰的是，她40年前说的“愚公移山”，正慢慢化作现实。在许多科研领域，复旦大学上海医学院医学分子病毒学实验室已经可以与国外研究机构平起平坐，某些方面还略胜一筹。但闻玉梅说，绝不能自满，更不能报喜不报忧，这对国家没有好处，对百姓也没有好处。“我们一定要对国家真正负责，对学生、对青年真正爱护，把爱心拿出来，付诸实际行动就足够了。”
近年来，在单用免疫治疗尚难以治愈慢性乙肝患者的情况下，闻玉梅团队开始为乙肝患者的免疫治疗探索新的路子——将抑制病毒和调动机体两方面结合起来，探讨加用单克隆抗体的“三明治”治疗策略。目前，团队正在向临床研究努力迈进。
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